Chromatografia jonowa jest rodzajem chromatografii cieczowej, która rozdziela jony i inne naładowane gatunki w roztworze na podstawie ich właściwości elektrochemicznych. Jest ona powszechnie stosowana do określania stężenia jonów lub tożsamości związków. Technika ta działa poprzez przepuszczanie mieszaniny przez kolumnę zawierającą stałą fazę stacjonarną, która została zmodyfikowana chemicznie w celu utworzenia jonoselektywnych faz stacjonarnych.
Chromatograf jonowy składa się z trzech głównych elementów: roztworu elektrolitu, fazy stacjonarnej przewodzącej prąd elektryczny oraz fazy ruchomej. W praktyce tylko jeden z tych składników (roztwór elektrolitu) jest faktycznie przemieszczany przez urządzenie; pozostałe dwa są stacjonarne. Roztwór elektrolitu znajduje się w kolumnie kapilarnej, natomiast faza ruchoma przemieszcza się przez kolumnę ze stałą prędkością przepływu i przenosi ze sobą te związki, które są w niej rozpuszczalne. Ilość, z jaką każdy związek oddziałuje z roztworem elektrolitu, zależy od jego powinowactwa do dodatnio lub ujemnie naładowanych jonów obecnych w danym roztworze elektrolitu.
Chromatografia jonowa stosuje dwa rodzaje kolumn: kolumny pakowane i kolumny kapilarne. Kolumny pakowane mają większe cząstki niż kolumny kapilarne, ale wymagają więcej energii do ich przetłoczenia, ponieważ mają większe tarcie. Kolumny kapilarne są w stanie rozdzielić związki nawet wtedy, gdy różnią się one tylko o jedną jednostkę polarności.
